LU MII, lai veicinātu sadarbību ar citām zinātniskām institūcijām un palielinātu Institūta atpazīstamību un prestižu, piedalās profesionālajās organizācijās Latvijā un pasaulē. Ar uzņēmumiem izveidota sadarbība zinātnisko rezultātu komercializācijā, bet ar augstskolām - sadarbība zinātniskajā un mācību darbā.
Ilgstoša sadarbība zinātniskajā un mācību darbā:
- Latvijas Universitātes Fizikas, matemātikas un optometrijas fakultāte;
- Latvijas Universitātes Datorikas fakultāte;
Dalība starptautiskās organizācijās:
- International Mathematical Union;
- GÉANT (Gigabit European Academic Network);
- Central and Eastern European Networking Association (CEENet);
- Council of European National Top Level Domain Registries (CENTR);
- Réseaux IP Européens Network Coordination Centre (RIPE NCC);
- Internet Corporation for Assigned Names and Numbers (ICANN);
- ARTEMIS Industry Association (ARTEMIS-IA);
- European Grid Initiative (EGI);
- Nordunet;
- Sirene;
- Nordic Graduate School of Language Technology (NGSLT);
- Common Language Resources and Technology Infrastructure (CLARIN);
- European Consortium Mathematics for Industry (ECMI);
- Object Management Group (OMG);
Dalība sabiedriskās organizācijās Latvijā:
- Sabiedriska organizācija Latvijas Interneta Asociācija (LIA);
- Biedrība Latvijas Informācijas un komunikācija tehnoloģijas asociācija (LIKTA);
- Latvijas Telekomunikāciju asociācija (LTA);
- Biedrība Tehnoloģiju attīstības forums;
- Biedrība Latvijas atvērto tehnoloģiju asociācija;
Sadarbība zinātniskajā un mācību darbā ar augstskolām:
- Latvijas Universitāte;
- Rīgas Tehniskā universitāte;
- Latvijas Lauksaimniecības universitāte;
- Ventspils Augstskola;
- Daugavpils Universitāte;
- Liepājas Universitāte;
- Rēzeknes Augstskola;
- Vidzemes Augstskola;
Sadarbība ar institūcijām valsts programmu ietvaros
- Latvijas Universitātes Filozofijas un socioloģijas institūts;
- Latvijas Universitātes Latviešu valodas institūts;
- Latvijas Universitātes Latvijas vēstures institūts;
- Latvijas Universitātes Literatūras, folkloras un mākslas institūts;
- Latvijas Zinātņu akadēmijas Baltijas stratēģisko pētījumu centrs;
- Rīgas Pedagoģijas un izglītības vadības augstskola;
- Latvijas Mākslas Akadēmija;
- Elektronikas un datorzinātņu institūts;
Sadarbība ar institūcijām zinātnisko rezultātu komercializācijā:
- SIA "ZZ Dats";
- SIA "Lattelecom Technology";
- SIA "Datorikas institūts DIVI";
- SIA Baltijas Datoru akadēmija;
- SIA "Tilde";
- SIA "Tieto Latvia";
- AS Datorzinību centrs;
- SIA FMS Group;
- AS "RIX Technologies";
- SIA "Data Media Group";
- AS "Exigen Services Latvia”;
- SIA "DPA";
- SIA "Cube Media";
Cita veida sadarbība:
- LU MII dalība nodibinājumā Akadēmiskās informācijas centrs (AIC);
- Sadarbība telpu nomā Nordic Hotel Bellevue;
Starptautiskās organizācijas, kurās iesaistījušies atsevišķi LU MII darbinieki:
- North European Association for Language Technology (NEALT);
- Creating Links and Innovative Overviews for a New History Research Agenda for the Citizens of a Growing Europe (CLIOHRES.net);
- Gesellschaft fuer Angewandte Matematik und Mechanik (GAMM);
- American Mathematical Society (AMS);
- World Scientific and Engineering Academy and Society (WSEAS);
Vietējās organizācijas, kurās iesaistījušies atsevišķi LU MII darbinieki:
- Imitācijas un modelēšanas biedrība (IMB) (Simulation Society);
- Valsts valodas komisijas apakškomisija "Latviešu valoda jaunajās tehnoloģijās";
- Latvijas Matemātikas biedrība (LMB);
- Biedrība Latvijas Dizaineru Savienība (LDS);
- Biedrība Latvijas Mākslinieku Savienība (LMS);